朱棣攻下金陵的第二天，聚集在南京的诸王及群臣便上表，劝其登其就帝，朱棣略做推辞，便也依允。再一日，朱棣谒孝陵（朱元璋墓），众臣备好法驾，奉了宝玺，呼迎万岁。历志多年、奋战四载的朱棣终于坐上龙辇，登殿即位，完成了他梦寐以求的帝王之志。随后朱棣下诏，将建文四年改为洪武三十五年，明年即为永乐元年。

　　做了皇帝的朱棣首先恢复周王橚、齐王榑等人的爵位，草草安葬朱允文（事实上皇宫中根本没有找到朱允文的尸体，只是找了具烧干的黑尸，对外宣称是建文帝而已。这事后面还有交待。），便开始了疯狂的报复。在随后的日子里，杀齐泰、黄子澄、方孝孺、铁铉等多名建文旧臣，灭其族，以妻女入教坊司充为妓女，株连家眷、好友其计一万多人。

　　朱棣登基后，杀人之多，手段之狠，为历朝历代惨杀敌对方官吏臣下之最重，不但建文朝不降的一个不剩，便是归降了的，他也不曾放过。第一个带兵征燕的老将耿炳文，归降之后仅仅在朱棣称帝的第二年，刑部尚书郑赐、都御史陈瑛便劾其衣服器皿有龙凤饰，玉带用红鞓，僭妄不道，耿炳文自杀。其长子璇，曾任前军都督佥事，娶的便是懿文太子长女江都公主，更是在永东初年便坐罪论死，其他两个儿子也不得善终；相对于耿炳文，第二次带兵伐燕的李景隆处境要好一些。他在战场上草包，又是最早打开南京城归降的重臣，朱棣自然不能太的亏待于他，登基之后被授以奉天辅运推诚宣力武臣、特进光禄大夫、左柱国，增岁禄千石，朝廷有大事，李景隆犹以班首主议，可谓风光一时。永乐二年，周王首先出来告发他建文时至邸受赂，马上刑部尚书郑赐等人便劾他包藏祸心、蓄养亡命、谋为不轨。这时候的朱棣故意做了个样子，下诏命下面不要提这些旧事，但是事过不久，成国公硃能、吏部尚书蹇义与文武群臣，大殿上劾李景隆及弟增枝逆谋有状，六科给事中张信等复劾，这次朱棣动了真的，下诏削其勋号，绝朝请，不过还是让他以公归第，奉长公主祀。又过了不久，礼部尚书李至刚等人又道：“李景隆在家，坐受阍人伏谒如行君臣大礼，是大不道；增枝多立庄田，蓄僮仆无虑千百，意叵测。”于是李景隆被夺爵，没其财产。绝望中李景隆绝食几日尽然不死，一直活到永乐末乃卒；李景隆之后对朱棣能够形成威胁的建文将领当属盛庸与平安。朱棣入京后，盛庸见大事已去，以剩余力量归降，被朱棣命以守护淮安。永乐元年，千户王钦揭发盛庸的罪状，被朝廷马上进为钦指挥同知，于是看出苗头的都御史陈瑛上本劾盛庸有怨气、有异图，盛庸无奈自杀；平安被俘

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